屋上の床がところどころ膨らんでいて、上から踏むとボコボコします。直した方が良いでしょうか？

少量の降雨でも雨漏りしてしまうような緊急性のある状態でなければ、早急に、今すぐに工事をしなければ取り返しがつかなくなります！等の言葉を鵜呑みにする必要はありません。 ただし、防水層の下にトラブルは確実に起こっていますので、なるべく近いうちに補修ないし、防水工事を検討されることをお勧めいたします。